El origen fue como Centro de Formación Profesional, concretamente Sección de F.P. que dependía del Instituto "Enrique Florez" de Burgos, con las ramas de Administrativo y Electricidad, siendo el primer curso académico en 1976-1977 en lo que fue el Colegio de la "Sabiduría" de monjas francesas (actual Edificio A). Hubo un traslado provisional al antiguo Instituto "Santo Tomás" situado en la C/ San Roque para adecuar el Colegio de la "Sabiduría" a los nuevos estudios y se construye un segundo Edificio (en la actualidad B) para acoger los Talleres de Electricidad. 

En el curso 80-81 se regresa a la primera ubicación y se convierte en Instituto de Formación Profesional. En el año 1984 se pone el nombre de "Merindades de Castilla". Por aplicación de la LOGSE se convierte en Instituto de Enseñanza Secundaria y se comienza a impartir el 3º curso de Secundaria en el 93-94, 1º de Bachillerato en el 95-96, los Ciclos Formativos de Grado Medio en el 96-97 y los de G. Superior 99-00. En el año 1995 se construye un nuevo Edificio (en la actualidad C) y se realizan obras de acondicionamiento en los Edificios A y B. La actividad docente del curso 95-96 se comienza provisionalmente en el antiguo Instituto de la C/ San Roque y Residencia "Las Merindades". A mitad de curso se produce el traslado y el 26 de Febrero de 1996 se inicia la actividad escolar en las actuales instalaciones. Los 3 edificios independientes quedan unidos por un pasillo formando una "E".